Многие думали, что сталкеры попавшие под излучение Выжигателя Мозгов навсегда становились марионетками О-Сознания, однако время показало, что некоторые из них сумели освободиться из-под контроля неизвестной программы. Одним из них был сталкер по прозвищу Меченый которого подобрал неизвестный и отнес в бункер к Сидоровичу. В дальнейшем оказалось, что этим сталкером был легендарный Стрелок, не раз прошедший к Центру Зоны. И даже несмотря на то, что Стрелку удалось вернуть себе память и отключить Выжигатель Мозгов, смертельное излучение все равно никуда не исчезло и по странному стечению обстоятельств по-прежнему вербовало самых любопытных в ряды слуг О-Сознания. Так и наш главный герой с довольно банальной кличкой Безымянный внезапно был найден за рулем грузовика смерти где-то на окраине Зоны. Естественно некоторые решили, что Стрелок был в очередной раз зомбирован и сам приехал на Кордон, но после того, как тот лично пришел посмотреть на еще одного неудавшегося агента, все вопросы отпали сами собой. Стало очевидно, что Стрелок и Безымянный не один и тот же человек и более того они даже не были незнакомы.
А тут еще и другие сталкеры начали рассказывать о том, что по всей Зоне находят людей с провалами в памяти. Кто-то пытался вернуть себе воспоминания, другие же наоборот все больше теряли остатки рассудка, сходили с ума или превращались в зомби.
В конце концов все стало настолько запутанным, что многие сталкеры попросту перестали доверять друг другу. Никогда не знаешь, будет ли очередной «потеряшка» опасен и набросится на тебя с ножом, или станет верным товарищем, не смотря на свое прошлое?
События игры происходят в сентябре 2012-го года. После того как Выжигатель был отключен большая часть сталкеров сразу же ринулась в Центр Зоны искать волшебный Клондайк артефактов и Исполнитель Желаний, но все они столкнулись с волнами мутантов, нескончаемыми выбросами и отрядами Монолита. Никто не ожидал такого поворота — Зона будто взбесилась. Она явно не собиралась открывать свои тайны простым сталкерам.
«Кажется будто я уже видел это место и этих людей. Более того, я даже знаком со здешними порядками. Я знаю про мутантов, про аномалии, про выбросы в конце концов. А вот конкретно чем я занимался до этого, кем был и как оказался в грузовике смерти хоть убей, не помню. Еще и татуировка эта дурацкая — S.T.A.L.K.E.R.»