Нашел эту "хитрость"!
В старой версии был не удален тестовый диалог с Крохобором в gamedata\config\gameplay\story_dialogs_kan, там что-то типа "Крохобор, помоги!". 
Его надо удалить или просто игнорировать. 
Если прочитал то потом возникал такой баг с разбродом сталкеров. 
В старых сохранках этот диалог у тебя уже прописан так что они не годятся.
В исправленной версии 4.2.3 отключен выброс , убран глючный диалог и ещё мелкие правки.
В версии 4.2.3 должна отсутствовать желтая надпись /Вариант Омега 4.0/ в главном меню. 
Поэтому на данном сайте мод не последней версии.
Переиграл без глючного диалога с Крохобором,  зашел на Юпитер, все сидят по местам и никто никуда не бегает.

Как отключить автосохранение через правку файлов (ни в конфигураторе ни в меню данной опции нет, файлы распакованы)?

Полный набор всех пси-зон на всех локациях (на данной странице некоторые пси-зоны не отражены)

Это как , "уничтожить военных на блокпосту, забрать снаряжение и пулемет"?
А пулемет то где?

В старой версии был не удален тестовый диалог с Крохобором в gamedata\config\gameplay\story_dialogs_kan, там что-то типа "Крохобор, помоги!". Его надо удалить или просто игнорировать. Если прочитал то потом возникал такой баг с разбродом сталкеров. В старых сохранках этот диалог у тебя уже прописан так что они не годятся. В исправленной версии 4.2.3 отключен выброс , убран глючный диалог и ещё мелкие правки.В версии 4.2.3 должна отсутствовать желтая надпись /Вариант Омега 4.0/ в главном меню. 
Поэтому на данном сайте мод не последней версии.

Та же проблема что и у  Jnec , нпс и квестовики разбредаются со своих мест по всей округе (на всех локациях) , в итоге или дохнут или черт найдешь.
Переигрывал с начала уже раз пять но всегда одно и то же , разброд и шатание.
Может заплатка какая есть или хитрость в прохождении ?