Вопрос первый, на каком играешь патче, т.к. эта ошибка была на релизной версии, во избежания подобных проблем, есть фикс исправляющий данную проблему.

А ты кейс  сбивал, или при помощи правки получил?

После выброса удаляются автоматически, или с помощью арта ( для некоторых аномалий нужен рецепт в пда ), или универсальный арт ( для всех аномалий ) - это черная дыра ( получаем по сюжетной ветке ).

Попробуй удалить  userdata ( из папки игры ), и сделай настройки заново. Ещё в довесок почисти сохранения , сделай рез.копии в отдельную папку , и оставь пару последних сохранок.

Как  минимум нужен лог вылета, чтобы понять причину?  Правки ставил?

Не совсем понятный вопрос, какие документы взяты, и кто не пускает на агропром? Может не пропускают в Бар ( судя по прикреплённому логу ). Во первых, после поднятия кейса на агро, должна прийти красная смс от Сидора. Во вторых, при подходе к блокпосту Долга, приходит смс о помощи ( отбиться от кабанов ), здесь два варианта : 1. Убиваем всех кабанов, проход открывается автоматически, при этом не забываем поговорить с Прапором. 
2. Игнорируем смс ( пускай долговцы сами разбираются с кабанами ),  говорим с Прапором , он скажет, что надо сделать, чтобы он открыл проход.

Через 5 дней.

Данный детонатор был вырезан из файлов игры совсем, по этому его не найдёте не в чистой игре, ни в спавнере.

Возможно кому - то данная правка и впрямь нужна. Но, если планируете сдавать Хомяки, то как раз Жила требует убитое ХО. Уж лучше пользуйтесь ремнаборами для ХО ( для этого есть спавнер ), ну или по крайней мере, сдайте хомяк Жиле, а уже после накатывайте правку.

P.S. Это личный взгляд, и ни кого к этому не принуждаю.

Как уничтожишь Джокера на АС ( найдёшь его пда ) - квест Лукаша на Павлика ( убираешь Павлика - Ару, идёшь на блокпост наймов, сработает скрипт - красная смс ).Далее Сивый появится на ДТ.

Если все смс на Генераторах прослушаны, то на НЗ возле пещеры, где сидит Муха, должна прийти ещё одна " красная " смс от Клыка, только после этого он появится в штабе.

На Генераторах все " красные смс " прослушал, с Пантерой поговорил?

Задание " Перевозчик " , появится только после прохождения основного сюжета ТЧ ( Припять ( комната с декодером ) - Доктор - ЧАЭС 1 - Саркофаг - БУМ - ЧАЭС 2. Возможно ещё какие - либо квесты завязаны на этом. По поводу Шахматиста, сообщение от Акима будет, как раз, когда закончим " Волну мутантов "

А диалог у Акима есть? Если нет, значит ни все выполнены условия ( квесты ).

Посмотри гид. У Бармена будет диалог о Ное. Лично я начинал " Волну мутантов ", после выполнения всех заданий ( в пда не было ни одного действующего задания ), не оставлял ни каких хвостов. Вообще, у Бармена должен появиться диалог после завершения сборки Хостела ( с насадкой ), а также как найдёшь изоморфы под мозгом в Х-16.

Как закончишь " Волну мутантов ", от Акима будет красная смс, двигаешь к нему и начинаешь поиск Шахматиста.

А для Призрака, все задания выполнены?

Что стоит поверх мода? Хоть лог вылета и не полный, но у тебя проблема с оружием, ищи в логе номер объекта, и удаляй через меню игры.

Содержимое лежит на самом тепловозе ( рядом с телепортом ), там бинт, арт, две или три пачки дроби.

На счёт полетать над локацией, в дальнейшем, а то есть под сам занавес игры, получаем в тайнике " аномальные " яйца, съев одно такое яйцо, ГГ может летать в пределах локации.