В игре много переходов между локациями, которые ГГ (и игрок) может узнавать по ходу игры. Изначально переходы не отмечены на карте ПДА. Отметки появляются тогда, когда ГГ узнаёт о переходе, то есть или упрётся в него и воспользуется, или кто-то скажет ему о переходе. Узнав о каком-то переходе однажды, ГГ его уже не забудет, даже если ПДА сломается. Если ГГ узнал переход с локации А на локацию Б, то он автоматически знает и переход обратно, даже если ни разу им не пользовался.
Есть много переходов, которые уже открыты изначально при старте игры, ГГ достаточно лишь ткнуться в них носом. Это
Кордон – Санаторий, Кордон – Кишка (платный), Кордон – Свалка, Санаторий – Кишка, Санаторий – Свалка, Свалка – Тёмная долина (со стороны блокпоста), Свалка – Аграпром, Рыжий лес – Дикая территория (только со стороны леса), Дикая территория – Янтарь, Армейские склады – Радар, зона "Тесла" – Лиманск, зона "Тесла" – Иваньковский райцентр, зона "Тесла" – Радар, зона "Тесла" – Припять, зона "Тесла" – Армейские склады, Туманная чаща – Пещера (перекрывает аномалия), Рыжий лес – Лиманск (обратно платный), Рыжий лес – Пещера, Рыжий лес – х-16 (перекрывают аномалии), х-18 – Туманная чаща (пузырь в зале), Туманная чаща – х-18 (пузырь), Агропром – подземка, подземка Агропрома – Туманная чаща (пузырь при наличии "Компаса"), х-16 – х-18. Иваньковский райцентр – Припять. Радар – Припять (мешает излучение).
Есть также переходы, которые нужно получить со временем или по заданиям.
| Кордон – Забытый хутор | Даёт Проводник после х-16. Со стороны хутора могут дать контрабандисты, если товар спрятан на Кордоне. |
| Кордон – Болота | Купить у Небова или так даёт Сидорович, если Небова нет уже. |
| Свалка – Забытый хутор | После помощи Бесу в найденном ПДА у кого-то на Свалке или на Кордоне. |
| Свалка – Тёмная долина | Альтернативный переход. Даёт Орех за ружьё. |
| Свалка – Бар | Принести огнемёт Прапору или выполнить основное задание Сидоровича. |
| Свалка – Туманная чаща | Прочитать записку Доктора в подземке или поговорить с Прапором (после х-16) |
| Тёмная долина – Кишка | Сделать задание в х-18, дождаться сообщения Сидоровича. |
| Тёмная долина – Туманная чаща | Отнести кейс Кузнецова Бармену. |
| Тёмная долина – х-18 | Выполнить задание Борова, разобрать завал или при отсутствии Борова узнать у Зуба и разобрать завал. |
| Тёмная долина – х-10 | Взорвать вход динамитом (после выключения Выжигателя). |
| Болота – Агропром | Купить у Степаныча. Со стороны Агропрома может дать Кирпич за помощь. |
| Забытый хутор – Болота | Помочь Саньку нести труп. Могут дать и контрабандисты, если товар спрятан на Болотах. Со стороны Болот даёт Фрол. |
| Агропром – Забытый хутор | Выкрасть на базе военных или купить у Шерстюка. |
| Агропром – Янтарь | Принести Сахарову документы с Агропрома (доступно только после х-16). Или помочь Волкодаву. |
| Янтарь – х-16 | Узнать у Петрова в Кишке. Нужно иметь три "изумрудных" артефакта. |
| Янтарь – Рыжий лес | Купить у Сахарова (доступно только после х-16). |
| Дикая территория – Рыжий лес | Выполнить задание Воронина – кейс в долине. Со стороны Рыжего леса переход открыт изначально. |
| Бар – Дикая территория | Купить у Зуба, или выполнить задание Петренко, или выполнить задание в х-18. |
| Бар – Армейские склады | Купить у Зуба или выполнить задание в х-16. |
| Армейские склады – Рыжий лесы | Принести кей Кузнецова Сидоровичу. |
| Армейские склады – Рыжий лес | Принести кейс Кузнецова Сидоровичу. |
| Лиманскы – зона "Тесла" | Взяться установить второй датчик Серафима. |
| Радар – х-8 | Код даёт Бармен после х-16. |
| х-8 – х-6 | Найти код к двери в трупе учёного в х-8. |
| х-6 – зона "Тесла" | Включить питание в х-8. |
| Радар – х-12 | Включить питание в х-10, иметь дешифратор. |
| х-12 – Иваньковский райцентр | Включить питание в х-12, иметь дешифратор. |
| Припять – ЧАЭС | Доступен изначально, но перекрыт аномальным полем. Включить питание в х-12, чтобы пропало поле. |